有机肥设施运行中排出的污水主要为发酵过程中产生的渗滤液，原则上，有机肥设施产生的污水可在车间内回用，用来调节堆肥过程中的水分。若污水量超出了发酵车间所能处理的能力，那么有必要配备排水处理设施。处理方法多为就地处理，或利用真空清洁车把污水运出设施，或就近排入市政管网等。

     发酵车间屋顶应设置集露装置，收集凝结后的卢春进行处理。除臭装置中喷淋水要定期清空处理。

      有机肥厂区生活污水可直接进入市政管网处理。