微生物肥料的种类很多，按其作用机理分为根瘤菌肥料，固氮菌肥料，磷细菌肥料，硅酸盐细菌肥料。

　　(一) 根瘤菌肥料根瘤菌肥料是指用于豆科作物接种，使豆科作物结瘤。固氮的接种剂。当豆科植物种子萌发时，根系分泌的一些物质对根瘤菌有强烈的刺激作用。根瘤菌大量繁殖，聚集在根的周围，形成根瘤。根瘤菌的寄主则不停地把根瘤固定的氮素转化，运输供自身利用。

　　1、使用方法：根瘤菌肥多用于拌种，即在豆科作物种植之前将根瘤菌肥料拌在种子上经促进共生固氮，达到增产的目的。根瘤菌与钼肥结合使用效果更好。使用时，每667m2用5 10g钼酸铝直接拌种或与根瘤菌有肥合用。

　　2、注意事项(1)根瘤菌是喜温好气型的微生物，适宜于中性至微碱性的土壤条件，应用于酸性土壤时，要加石灰调节土壤酸度。

　　(2)避免与速效氮肥和杀菌剂同时使用，如种子消毒，应在拌种前2 3周拌药，使菌与药有较长时间的间隔，以免影响根瘤活性。

　　(二)固氮菌肥料固氮菌肥料是以能够自由生活的固氮的微生物肥料为菌种生产出来的固氮菌肥料。

　　1、使用方法：固氮菌适用于各种作物，特别是禾本科作物和蔬菜中的叶菜类作物，可作基肥，追肥和种肥。与有机肥，磷肥、钾肥及微量元素，肥料配合施用，对固氮菌的活性有促进作用。

　　(1)基施：与有机肥配合沟施或穴施，施后立即覆土。

　　(2)追施：把菌肥用水调式糊状，施于作物根部，施后覆土。

　　(3)拌种：在菌肥中加适量的水混匀，倒入种子混拌，捞出阴干即可播种。

　　2、注意事项(1)多适用于禾本科作物及蔬菜中叶菜类作物。

　　(2)避免与速效氮联合应用。

　　(3)对土壤酸性反应很敏感，适宜的PH值为7.4 7.6。

　　(4)当土壤湿度为田间最大持水量的25% 40%时，固氮菌开始生育，至60%时生育最旺盛。

　　(5)固氮菌属于中温性细菌，一般在25 30℃的条件下生长最好。