目前微生物肥料的定义大致有2种： 一种是狭义微生物肥料， 是指含有的特定微生物通过生命活动只是增加了植物所需营养元素的供应量， 使得植物营养状况改善促进植物生长， 进而提高产量、 增加农产品品质， 如根瘤菌肥就是这类微生物肥料中的一种[1]。另一种为广义的微生物肥料， 也叫做复合微生物肥料， 指除了特定微生物外还含有其他营养物质， 通过含有微生物的生命活动， 不仅仅提高植物营养元素的供应水平， 而且微生物活动产生的一些次生代谢产物， 如植物生长激素等， 能够促进植物对营养元素的吸收利用或拮抗某些病原微生物， 减轻农作物病害而促进作物产量的增加。这一类的制剂较多， 比较复杂， 如植物根际促生菌(PGPR)。

   微生物肥料的种类很多， 按照不同的分类方法可以分为4种：

（1） 按照制品中特定微生物种类可以分为细菌肥料 （如根瘤菌肥、 固氮、 解磷、 解钾菌肥）、 放线菌肥料 （如抗生素菌肥）、 真菌类肥料 （如菌根真菌）、 光合细菌肥料、 复合菌剂肥料 （酵素菌肥） 等；

（2） 按照其作用机理分为增加植物营养为主的肥料、 刺激植物生长

为主的肥料、 抵抗植物病害为主的肥料、 农药降解为主的肥料等；

（3） 按照肥料中添加菌种种类分为单一微生物肥料和复合微生物肥料， 其中复合微生物肥料中又含有菌菌复合， 菌和各种添加剂的复合；

（4） 从形态上分主要有液体肥料 （用于拌种、 叶面喷施）、 固体颗粒肥料 （用于基施或追施）。